En minoritet der i den grad får på puklen overalt i verden, en verden hvor resultatet af genmanipulation er morgendagens overraskelse. 'Mutanterne' er mennesker, der som børn fødes med en 'x-faktor', der giver dem evner ud over det sædvanlige: lige fra et sæt vinger, så de kan flyve – til en hjerne, der kan læse andres tanker. Professor Charles Xavier (Patrick Stewart) ønsker at lægge en dæmper på det had og den frygt, der er for 'mutanterne', og samler derfor en gruppe, der lærer at bruge deres evner på en god måde og til gavn for menneskeheden – de såkaldte X-Men. Men Xavier er ikke den eneste, der har øje for 'mutanterne'. Den magtsyge Magneto (Ian McKellen) har planer om at tilegne sig verdensherredømmet og har derfor samlet en gruppe 'mutanter', der skal hjælpe ham godt på vej. Hvorledes en kamp mellem to grupper af 'mutanter', med utænkelige evner, udarter sig - det sætter kun fantasien (eller Hollywood) grænser for.