I LEGO: Ninjago må spillerne genvinde de kraftfulde Ninja-våben og overkommefarlige drager i livsfarlige kampe. I tidernes morgen blev Ninjago skabt af den første Spinjitzu-mester ved hjælp af de fire Spinjitzu-våben...Jordskælvenes le, lynets nunchakuer, kastestjernen af is og ildsværdet.
Våben, der er så stærke, at ingen kan klare al deres kraft på samme tid. Da Spinjitzu-mesteren gik bort, svor hans to sønner, at de ville beskytte de gamle våben, men den ældste var besat af mørket og ville have dem for sig selv. Der udbrød kamp mellem brødrene, og den ældste blev overmandet og forvist til underverdenen. Freden vendte tilbage, og den yngste bror skjulte våbnene...
Nu er det op til DIG at afgøre Ninjagos skæbne. Hvem hjælper dig med at finde våbnene? Den retskafne bror og hans hold af ninjaer eller den bror, der blev dømt til underverdenen, og hans onde skelethær?